擁有國際「標籤認證」的萬金石馬拉松，其實是擁有深厚的歷史背景。它數次更名、路線調整，甚至成為海外國內許多選手的必選賽事。可以說萬金石馬拉松是台灣推廣「全民運動」的第一響。
民國66年，在墨西哥奧運奪下銅牌的紀政接受中華民國田徑協會王惕吾先生的邀請，回到台灣擔任田協的總幹事，除了訓練國家選手外，也開始推動全民運動。要讓人走入田徑路跑，首要就是大力推廣全民參予，隨即在民國68年就開辦了台灣第一屆金山馬拉松。當時訂下的路線是金山到石門這段路，當時旅居美國的華裔長跑男孩蒲仲強受到報章媒體披露個人故事，來台宣傳長跑運動，當時吸引許多人投入金山馬拉松，蔚成風潮。
當時一則日本馬拉松界對1980年莫斯科奧運的新聞，在台灣引起熱烈的討論，這也使得台灣人們格外關注亞洲國家與歐美國家較勁的可能性。在田徑協會努力奔走下，3月18日金山馬拉松順利開跑，從知名的路跑景點金山青年活動中心出發，穿過金山街道，沿濱海公路到白沙灣海水浴場後折返。當時吸引了364位好手參加，而當時來自南投的陳萬昌選手以2小時47分44秒獲得冠軍，女選手則由來自屏東霧台的國中三年級學生巴蘭花以3小時32分30秒獲冠。
連續幾年都有不錯的聲勢與可見度，第四屆在民國七十一年舉辦，田徑協會特地邀請了三位菲律賓選手一同參賽，這是我國首度邀請國外馬拉松選手參加比賽，使得參加人數上升超過六百名選手。好事不只如此，民國七十四年，主辦單位再次邀請日本選手來台參賽，並由中島修一奪魁，我國好手黃文成則獲得第二名。
金山馬拉松可說是國內歷史最悠久的馬拉松賽之一，從民國68年開始連續五年舉辦了六屆：
- 第一屆：1979年3月18日 (冠軍：陳萬昌 2:47:44 創場地紀錄)
- 第二屆：1980年3月9日(冠軍：盧瑞忠 2:31:54 破場地及國內紀錄)
- 第三屆：1981年3月8日 (冠軍：艾魯特 〈菲律賓〉 2:26:49 前三名都是菲律賓選手，第四名：陳長明 2:28:06均破場地及國內紀錄)
- 第四屆：1982年3月7日(冠軍：坎伯〈美國人〉 2:18:06 破場地及國內紀錄。亞軍：陳長明 2:19:16破場地及國內紀錄)
- 第五屆：1983年3月13日(冠軍：陳長明 2:19:54)
- 第六屆：1983年12月25日(冠軍：陳長明 2:18:47破場地及國內紀錄)
如果調閱長跑競技網的歷代資料，會發現這些年的金山馬拉松有許多跑者名列於此，包含陳長明在第六屆跑出國內紀錄、長跑名將郭宗智在1982年跑出2小時25分20秒成績等等。當時好手群聚，齊力為金山馬拉松創下歷史。
好景不常，儘管吸引許多跑者參予競賽，但連續多年的金山馬拉松卻因為車輛管制不易、以及環境風勢過烈等等因素而停止舉辦。這一停辦，就消沉了近十多年。
好不容易在台北縣路跑協會會員的努力爭取下恢復舉辦，也邀請多名外國選手共襄盛舉，終於在民國九十二年(2003年)再次開跑，由當時的行政院長游錫堃鳴槍起跑，最後男女桂冠分別由台灣長跑名將吳文騫、許玉芳奪下。
隔年考量比賽路線經金山與石門兩個鄉鎮，將金山馬拉松賽易名為『金石國際馬拉松』。之後「金石國際馬拉松」因為起跑點轉換位在萬里的翡翠灣，所以在2009年再次更改為「石萬金國際馬拉松」。然而，最後一次的更名是2010年為順應賽道行經路線的「順序」，由『萬里』太平洋翡翠灣起跑，經『金山』至『石門』國中前折返的賽道路線，賽事正式更名為「萬金石馬拉松」，持續沿用至今。
為了增加賽事的豐富性也讓國內選手可以從國內感受國際選手、國際賽事的氛圍。萬金石馬拉松於2014年開始與中華民國田徑協會合作，以國際田徑總會(IAAF)路跑銅標籤規格辦理賽事，邀請國際觀察員前來賽會指導，也順利在當年度10月取得國際田總路跑銅標籤認證。獲得國際「標籤認證」的好處，是能吸引爭取奧運參賽資格等級的選手參賽。選手想參加奧運，必須要在奧運舉辦的前一年，參加國際田總認證許可的馬拉松比賽，且成績須達到一定標準，才能取得奧運參賽資格。
2015年是萬金石馬拉松通過IAAF銅標籤認證後第一場賽事，考量北海岸地區三月初氣候多雨濕冷，特將賽事移動調整到3月第三個週日，吸引了上萬名愛好長跑的選手參加，也邀請眾多國際菁英選手同場較勁，此外，也開放試辦外籍選手homestay體驗行程，服務來到台灣的外籍選手，安排兩天三夜的家庭接待住宿，規劃野柳地質奇景及漁港文化、在地歷史民居建築及金山八煙聚落參訪課程，讓馬拉松不只是體育競賽，而是一種體驗在地特色生活文化的契機。
新北市政府在賽事一連三年取得銅標籤後，於2017年將賽事規格升級為銀標籤的規格，不僅邀請更高等級國際菁英選手，也首次舉辦馬拉松博覽會，並在賽後向國際田徑總會提出路跑銀標籤認證的申請。經過國際田總觀察員暨技術委員當天評估回報國際田總後，2017年12月22日國際田徑總會正式去函中華民國田徑協會通知新北市萬金石馬拉松已被升級為銀標籤路跑賽事。當時由國際田總認證的馬拉松賽事，全球僅有88場，而萬金石馬拉松身在其中，殊榮倍增。
一場舉辦於北海岸的馬拉松賽，歷經波折與考驗，終於安定地成為國內首屈一指的認證賽事，每年吸引上萬人參加，成為國內少見的秒殺賽事。
